Die Robustheit, Sensititvität und Spezifität eines qPCR-Assays mit (Taqman) Sonden hängt stark von der Länge des Amplikons ab. Demgegenüber ist ein Assay mit SYBRGreen relativ unempfindlich gegenüber verschiedenen Amplikonlängen, wie aus Abbildung 1 ersichtlich.

Art des Assays optimale Amplikonlänge
TaqMan / Hydrolysesonden 80 – 100 bp
Sonden bis 100 bp bp
SYBRGreen / EvaGreen 120 – 200 bp

Abbildung 1a: Unterschiedliche Amplikonlängen innerhalb eines Assays sind zu vermeiden.

Mikeska, T., & Dobrovic, A. (2009). Validation of a primer optimisation matrix to improve the performance of reverse transcription – quantitative real-time PCR assays. BMC Research Notes, 2, 112. https://doi.org/10.1186/1756-0500-2-112

Abbildung 1b: Taqman und SYBRGreen qPCR-Assays benötigen unterschiedliche Amplikonlängen

Mikeska, T., & Dobrovic, A. (2009). Validation of a primer optimisation matrix to improve the performance of reverse transcription – quantitative real-time PCR assays. BMC Research Notes, 2, 112. https://doi.org/10.1186/1756-0500-2-112