Entgegen einiger Mythen steht ein guter SYBRGreen Assay einer Hydrolysesonde (TaqMan) für die Genexpressionsanalyse in nichts nach (Tajadini 2014, Cao 2012, Arikawa 2008). Entscheidend sind hierfür die Auswahl geeigneter Primer, ein entsprechend optimierter qPCR Mastermix sowie qualitativ hochwertige, nicht-fragmentierte cDNA – das gilt aber auch für TaqMan® Sonden.

Hydrolysesonden (TaqMan) sind besonders geeignet für SNP-Genotyping, Splice-Variant Analysen und für die Detektion von Mutationen mittels qPCR.

SYBRGreen-basierte Assays eignen sich hingegen hervorragend für die Genexpression oder miRNA Expression – also für den Großteil der Nutzer – und ermöglichen zusätzliche Qualitätsparameter, wie eine Schmelzkurve.

Wussten Sie schon, dass Sie bei uns qPCR Mastermixe sowohl für SYBRGreen als auch Sonden erhalten?

Weitere Informationen finden Sie in den folgenden Publikationen:

Tajadini, M., Panjehpour, M., & Javanmard, S. H. (2014). Comparison of SYBR Green and TaqMan® methods in quantitative real-time polymerase chain reaction analysis of four adenosine receptor subtypes. Advanced Biomedical Research, 3, 85. https://doi.org/10.4103/2277-9175.127998

 

Cao, H., & Shockey, J. M. (2012). Comparison of TaqMan® and SYBR Green qPCR Methods for Quantitative Gene Expression in Tung Tree Tissues. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 60(50), 12296–12303. https://doi.org/10.1021/jf304690e

 

Arikawa, E., Sun, Y., Wang, J., Zhou, Q., Ning, B., Dial, S. L., … Yang, J. (2008). Cross-platform comparison of SYBR Green real-time PCR with TaqMan® PCR, microarrays and other gene expression measurement technologies evaluated in the MicroArray Quality Control (MAQC) study. BMC Genomics, 9, 328. https://doi.org/10.1186/1471-2164-9-328