Der Ct (Threshold Cycle) oder Cq (Quantification Cycle) -Wert wird in der qPCR als Maß für die Genexpression betrachtet und anhand der Fluoreszenzkurve bestimmt. Mit der sogenannten 2nd Derivative-Methode wird dabei die maximale Änderung der zweiten Ableitung der Fluoreszenzkurve bestimmt – also der Punkt, an welchem die Fluoreszenzänderung nicht mehr steigt – und damit die exponentielle Amplifikation beendet ist.

Den Zyklus, in dem dies der Fall ist, nennt man “Quantification Cycle (Cq)”.

Anmerkung: Die Berechnung des Cq-Wertes kann auch durch andere Methoden als die genannte erfolgen. Wichtig ist, dass für ein Experiment immer das gleiche Verfahren verwendet wird.

Eine Übersicht verschiedener Methoden finden Sie in dieser Publikation:

Ruijter, J. M., Zhao, S., Spiess, A. N., Boggy, G., Blom, J., Rutledge, R. G., … Vandesompele, J. (2013). Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications. Methods, 59(1), 32–46. https://doi.org/10.1016/J.YMETH.2012.08.011