TaqMan® Sonden sind Hydrolysesonden, die für die Quantifizierung mittels qPCR genutzt werden.

Hydrolysesonden wiederum sind einzelsträngige DNA Oligos, die an einem Ende mit einem Fluorophor und am anderen Ende mit einem Quencher markiert sind. Der Quencher ist ein Molekül, das die Fluoreszenz des Fluorophors unterdrückt, solange beide in räumlicher Nähe sind. Sobald die Sonde an das Amplikon bindet und die Polymerase mit der Amplifikation beginnt, schneidet sie aufgrund ihrer Exonukleaseaktivität das Fluorophore und den Quencher ab. Dieser verliert dabei seine unterdrückende Wirkung. Da sich dieser Vorgang bei jedem Zyklus wiederholt, ist die Stärke des nach Anregung gemessenen Fluoreszenzsignals proportional zur Menge an amplifizierter DNA.