Wie bei jedem molekularbiologischen Experiment ist es wichtig, die richtigen Kontrollen bei jedem Assay mitlaufen zu lassen. Bei einer qPCR sind, je nach Assayformat, folgende Kontrollen ratsam:

  • noRT – Sollte als Template eine reverse Transkription (RT) aus mRNA verwendet werden, so sollte bei der RT ein Sample ohne Enzym als noRT Kontrolle verwendet werden.
  • No Template Control (NTC) – Für jedes analysierte Gen sollte eine NTC eingeplant werden, in welcher Wasser anstelle von Template verwendet wird. Die NTC wird genutzt, um Kreuzkontaminationen zu erkennen und sollte bei keiner qPCR fehlen.
  • Referenzgene (früher Housekeeping Genes) – Um eine robuste Genexpressionsanalyse zu ermöglichen, sollten mehrere Referenzgene für jedes Sample eingeplant werden. Die Expression der Referenzgene sollte unabhängig von einem Treatment sein und dient daher als Referenzpunkt für die spätere relative Quantifizierung.
  • Alternative Positivkontrolle – Für absolute Quantifizierungen, für die keine Referenzgene genutzt werden, sollte eine alternative Positivkontrolle verwendet werden, die in jedem Fall ein vorher bekanntes Ergebnis bringt.