Eine Effizienzbestimmung der Primer sollte grundsätzlich für jedes analysierte Gen durchgeführt werden.

Dafür erstellt man eine cDNA-Verdünnungsreihe über 5-6 Zehnerpotenzen und ermittelt die Cq-Werte für verschiedene Primerkonzentrationen. Aus der Steigung der erstellten Geraden lässt sich dann die Effizienz der jeweiligen Primerkonzentration ermitteln. Diese sollte zwischen 85 und 110 % liegen.